Proteinlerin şekilsel benzerliği , proteinlerin üç boyutlu yapılarının karşılaştırılmasıyla tespit edilebilir. Proteinlerin üç boyutlu yapıları, X-ışını kristalografisi, NMR spektroskopisi ve elektron mikroskobu gibi teknikler kullanılarak belirlenebilir.

X-ışını kristalografisi: X-ışını kristalografisi, proteinlerin üç boyutlu yapılarını belirlemek için en yaygın kullanılan tekniktir. Bu teknikte, proteinlerin kristalleri X-ışınlarına maruz bırakılır. X-ışınları, proteinlerin atomları tarafından saçılır ve bu saçılma desenleri, proteinlerin üç boyutlu yapısını belirlemek için kullanılabilir.

NMR spektroskopisi: NMR spektroskopisi, proteinlerin üç boyutlu yapılarını belirlemek için kullanılan başka bir tekniktir. Bu teknikte, proteinlerin atomlarına radyo frekanslı dalgalar uygulanır. Atomların bu dalgalara verdiği tepkiler, proteinlerin üç boyutlu yapısını belirlemek için kullanılabilir.

Elektron mikroskobu: Elektron mikroskobu, proteinlerin üç boyutlu yapılarını belirlemek için kullanılan daha az yaygın bir tekniktir. Bu teknikte, proteinler elektron mikroskobu vasıtasıyla görüntülenir. Bu görüntüler, proteinlerin üç boyutlu yapısını belirlemek için kullanılabilir.

Proteinlerin şekilsel benzerliğinin belirlenmesinde kullanılan yöntemler:

Bağlantı noktası eşleştirme: Bu yöntemde, proteinlerin üç boyutlu yapılarındaki karşılık gelen amino asitlerin bağlayıcı noktaları karşılaştırılır. Bağlayıcı noktaları birbirine benzeyen proteinler, şekilsel olarak benzer olarak kabul edilir.

Moleküler konformasyon eşleştirme: Bu yöntemde, proteinlerin üç boyutlu yapıları birbirlerine göre döndürülür ve eşleştirilir. Bu yöntemle, proteinlerin şekilsel olarak benzer bölgeleri belirlenebilir.

Topolojik eşleştirme: Bu yöntemde, proteinlerin üç boyutlu yapıları arasındaki benzerlikler, topolojik bir temsil kullanılarak belirlenir. Bu yöntemle, proteinlerin genel şekilsel benzerlikleri belirlenebilir.

Proteinlerin şekilsel benzerliğinin önemi:

Proteinlerin şekilsel benzerliği, proteinlerin işlevleri ve evrimi hakkında önemli bilgiler sağlayabilir. Örneğin, şekilsel olarak benzer proteinler, benzer işlevlere sahip olma eğilimindedir. Bu nedenle, şekilsel benzerlik, proteinlerin yeni işlevlerini belirlemek için kullanılabilir. Ayrıca, şekilsel benzerlik, proteinlerin evrimsel ilişkilerini belirlemek için de kullanılabilir.